次氯酸鈉殺菌效力同氯氣相當，屬于真正有效、廣譜、安全的強力滅菌藥劑。其優點主要有：

1.投加準確，與氯氣相比，達到出廠水余氯含量，使用次氯酸鈉溶液消耗相對較少。由于氯氣在投加于水中時未能全部溶解，需要考慮一定的過量系數，投加同樣量時次氯酸鈉與水的親和力好，能與水任意比互溶，效果比投加氯氣要好，而且操作安全，使用方便；

2.次氯酸鈉消毒的管網余氯衰減要比氯氣消毒游離余氯衰減略慢，主要是次氯酸鈉在水中的水解要比氯氣慢，且呈堿性，更具有持續的消毒能力；

3.與氯氣消毒相比，次氯酸鈉安全風險較低，不存在泄露危害人體生命安全等問題，不產生有毒、有害副產物，有研究表明，次氯酸鈉消毒時出廠水中二氯乙酸（DCAA）低于液氯消毒，而三氯乙酸（TCAA）二者基本相當。次氯酸鈉消毒時出廠水中三鹵甲烷（THMs）低于液氯，四氯化碳（CCl4）二者基本相當。總體，次氯酸鈉消毒副產物量低于液氯。

4.次氯酸鈉也不會象氯氣同水反應會后形成鹽酸那樣，對金屬管道構成嚴重腐蝕。同時便于運輸，原料易得。